Agora Handlowa (Dolna) w Efezie była połączona z portem ulicą Arkadyjską i znajdowała się blisko jej skrzyżowania z ulicą Marmurową, znajdującego się na południowy zachód od teatru. Agora ta zwana była również Tetragonos — czyli kwadrat, ponieważ posiadała niemal kwadratowy plan. Ta starożytna nazwa została potwierdzona znalezionymi inskrypcjami. Głównym celem istnienia tego rozległego placu były funkcje komercyjne, co odróżniało ją od położonej po przeciwnej stronie miasta Agory Państwowej (Górnej), która odgrywała rolę publiczną i urzędową.

Agora Handlowa miała imponujące wymiary, gdyż jej boki miały aż 111 metrów długości. Plac posiadał trzy główne bramy, umożliwiające wstęp od strony północnej z drogi Arkadyjskiej, oraz od południowego – wschodu i od zachodu. Najbardziej imponującą i najlepiej zachowaną z tych bram jest tzw. Brama Mazaeusa i Mitrydatesa po południowo-wschodniej stronie agory, bardzo blisko Biblioteki Celsusa.

Jako plac targowy Efezu, Agora Handlowa powstała już w czasach hellenistycznych, w III wieku p.n.e., o czym świadczą fragmenty zachodnich bram w porządku jońskim. Lokalizacja agory została starannie wybrana, gdyż położona była blisko portu. Zadbano również o to, by handlarze mieli do dyspozycji rozległy teren. Ponieważ obszar nie był tam całkowicie płaski, podczas budowy agory musiał zostać starannie wyrównany.

Miejsce, w którym powstała agora, służyło mieszkańcom miasta już znacznie wcześniej, ale w innej roli. Co ciekawe, wykopaliska prowadzone od 1987 roku po zachodniej stronie Agory Handlowej odsłoniły ślady dawnej osady należącej do archaicznego Efezu, leżącej obecnie sześć metrów pod ziemią. Archeolodzy stawiają hipotezę, że mogą to być ślady dzielnicy Smyrna, o której wspomina Strabon: "[...] bowiem Efezjanie byli współmieszkańcami Smyrnejczyków w starożytności, kiedy Efez nazywano także Smyrną. […] Smyrna była Amazonką, która zawładnęła Efezem; i stąd nazwa zarówno mieszkańców, jak i miasta".

Archeolodzy odkryli pięć kolejnych faz zabudowy, sięgających VIII wieku p.n.e. Budynki te wznoszone były na kamiennych fundamentach z glinianymi ścianami, ewoluując od jednoizbowych budowli do dużych domów mieszkalnych. Zostały opuszczone w połowie VI wieku p.n.e., prawdopodobnie z powodu podnoszącego się poziomu morza. W VI wieku p.n.e. w obrębie tych zrujnowanych rezydencji wzniesiono piec garncarski. Działalność przemysłowa w zachodniej części agory trwała do początków IV wieku p.n.e. Po przeciwnej, wschodniej stronie agory wykopaliska odsłoniły natomiast cmentarz z okresu VI-IV wieku p.n.e.

Agora hellenistyczna, odkopana w 1977 r., znajdowała się trzy metry niżej niż obecny poziom gruntu. W południowo-zachodnim narożniku archeolodzy odkryli magazyn z III wieku p.n.e., za nim stoę, a w pobliżu zachodniej bramy — kolumnady. Plac był wielokrotnie przebudowywany, po raz pierwszy w I wieku p.n.e., kiedy to uzyskał swój ostateczny, kwadratowy kształt.

Agora Handlowa była otoczona portykami kolumnadowymi, znacznie rozbudowanymi w okresie rzymskim. Zmiany w planie agory wprowadzono za panowania cesarza Augusta. Stoy otaczające agorę posiadały już wówczas dwie kondygnacje, na co wskazują odkryte w kilku miejscach pozostałości klatek schodowych. Za kolumnadami znajdowało się około 100 pomieszczeń, które pełniły głównie funkcję sklepów, ale wykorzystywano je również jako warsztaty, magazyny i miejsca spotkań stowarzyszeń cechowych.

Kolumnady otaczające agorę z czterech stron ozdobiono setkami posągów mówców, filozofów, sportowców i urzędników. Zachowały się jedynie ich fundamenty, w tym inskrypcje dostarczające cennych informacji na temat życia społecznego w Efezie. Agora z czasów Augusta została poważnie zniszczona przez trzęsienie ziemi około 23 roku n.e. Została szybko zrekonstruowana i zaczęła działać już 20 lat później, kiedy to rzymscy handlarze ufundowali posąg cesarza Klaudiusza.

Nie wszyscy kupcy i rzemieślnicy, którzy pracowali w Agorze Handlowej, pozostają anonimowi. Prawdopodobnie najbardziej znanym z nich jest św. Paweł, który wraz z Pryscyllą i Akwilą pracował tam przy wyrobie namiotów i obróbce skóry. Ich historię wspominają Dzieje Apostolskie 18:2-19 (wszystkie cytaty pochodzą z "Biblii Tysiąclecia"): "Znalazł tam [w Koryncie] pewnego Żyda, imieniem Akwila, rodem z Pontu, który z żoną Pryscyllą przybył niedawno z Italii, ponieważ Klaudiusz wysiedlił z Rzymu wszystkich Żydów. Przyszedł do nich, a ponieważ znał to samo rzemiosło, zamieszkał u nich i pracował; zajmowali się wyrobem namiotów. [...] Następnie przybyli do Efezu i tam ich [Akwilę i Pryscyllę ]zostawił."

Wyrób namiotów musiał być dochodowym przedsięwzięciem, gdyż Rzymianie szeroko korzystali z wyrobów skórzanych – od odzieży w postaci ciężkich płaszczy przeciwdeszczowych noszonych przez żołnierzy, poprzez uprzęże i tarcze, aż po obuwie. Azja Mniejsza była jednym z głównych źródeł skóry dla Rzymian, którzy potrzebowali ogromnych ilości tego materiału.

W Efezie św. Paweł popadł w kłopoty, krytykując miejscowych złotników, którzy sprzedawali miniaturowe srebrne świątynie Artemidy. Św. Paweł potępił ich działalność jako bałwochwalstwo i w rezultacie został zmuszony do pośpiesznego opuszczenia miasta. Bliskość Agory Handlowej do portu mogła być nawet przyczyną, dla której św. Paweł unikał odwiedzania Efezu w drodze do Jerozolimy, jak opisano w Dziejach Apostolskich 20:16: "Paweł postanowił ominąć Efez, aby nie tracić czasu w Azji. Śpieszył się bowiem, aby, jeśli to możliwe, być na dzień Pięćdziesiątnicy w Jerozolimie." Jego wytłumaczenie na ominięcie Efezu jedynie z powodu pośpiechu nie pokrywa się z faktycznym postępowaniem, ponieważ według Dziejów Apostolskich 20:17: "Z Miletu posłał do Efezu i wezwał starszych Kościoła." Czyli najwyraźniej unikał osobistej wizyty w tym niegościnnym dla niego mieście.

Za panowania cesarza Nerona po wschodniej stronie Agory Handlowej, wzdłuż ulicy Marmurowej, dobudowano dwupiętrową bazylikę dorycką o długości 150 metrów. Pierwotnie miała ona pełnić funkcję sądu. Obecnie znana jest jako Sala Nerona ze względu na inskrypcję dedykującą ten budynek Artemidzie, Neronowi, jego matce Agrypinie i Efezjanom. Bazylikę później przebudowano, a jej front, od strony ulicy Marmurowej, zabudowano, pozostawiając jedynie niewielkie wejście od strony północnej.

Gruntowną renowację Agory Handlowej przeprowadzono już za czasów cesarza Karakalli, na początku III wieku, kiedy to wzniesiono nowe dwunawowe stoy. Agora została ponownie zniszczona przez trzęsienie ziemi pod koniec IV wieku n.e. Następnie została naprawiona za panowania cesarza Teodozjusza I. Podczas tego remontu naprawiono wszystkie główne elementy konstrukcyjne placu, wykorzystując elementy architektury zgromadzone w całym Efezie.

W VI wieku n.e. północna stoa agory została przebudowana na masywny mur oporowy, podtrzymujący znajdujące się za nią sztuczne wzgórze. Agora była użytkowana aż do VII wieku n.e., zachowując swój ogólny plan. Straciła jednak swoją pierwotną funkcję i służył jako siedziba warsztatów rzemieślniczych, m.in. szklarza.

W centrum Agory stał być może tak zwany horologion. W swoim pierwotnym znaczeniu horologion — od greckiego słowa oznaczającego „wyznaczający godziny” — był jakimkolwiek narzędziem służącym do odmierzania czasu. Doskonałym przykładem takiego horologionu jest Wieża Wiatrów w Atenach, będąca połączeniem zegarów słonecznych i zegara wodnego. W przypadku zegara z Efezu odkryto go jako fundamenty budowli, mierzące około 10 na 6 metrów. Archeolodzy przypuszczali, że należały one do horologionu na podstawie tekstów inskrypcji późnohellenistycznych. Późniejsze badania wykazały jednak, że budowla ta pochodziła z okresu znacznie późniejszego, tj. z VI wieku n.e.