Gdy Halikarnas wszedł w obręb świata osmańskiego, nie był jeszcze miastem w dzisiejszym znaczeniu tego słowa. Przede wszystkim był twierdzą z portem — morskim posterunkiem na skraju Morza Egejskiego. Najwcześniejszy osmański opis tego miejsca zawdzięczamy Piri Reisowi, słynnemu korsarzowi, żeglarzowi, geografowi i kartografowi, autorowi Kitab-ı Bahriye (Księgi Morza), dzieła, które z niezwykłą jak na swoje czasy precyzją przedstawiało basen Morza Śródziemnego.
Stojąc przed Zamkiem św. Piotra, Piri Reis zanotował, że Bodrum było niewielką twierdzą strzegącą rozległego, dobrze osłoniętego portu. Opisał otaczające ją wyspy, charakter morza oraz warunki żeglugi — szczegóły przeznaczone nie dla ciekawskich czytelników, lecz dla marynarzy, którzy mieli kiedyś zaufać jego mapom i wskazówkom. W jego relacji Bodrum jawi się nie jako miasto zabytków, lecz jako istotny węzeł w osmańskiej sieci morskiej.
Przez cały XVI wiek Bodrum zachowało to strategiczne znaczenie. Administracyjnie należało do sandżaku İstanköy (Kos), jednostki drugiego szczebla w ramach Ejaletu Archipelagu, zwanego również Ejaletem Kapudanpaszy lub — bardziej poetycko — Ejaletem Wysp Białego Morza, czyli Morza Śródziemnego. Była to prowincja ukształtowana przez morze, a nie ląd, pozostająca pod bezpośrednią kontrolą kapudan paszy, głównodowodzącego floty osmańskiej. Rola Bodrum wynikała nie z jego wielkości, lecz z położenia w tym morskim imperium.
Zamek św. Piotra nieprzerwanie pełnił funkcję twierdzy wojskowej. Dokumenty z końca XVI wieku wspominają o czterdziestu jeden strażnikach stacjonujących w jego murach, dowodzonych przez dizdara — zarządcę i komendanta zamku. Dizdar odpowiadał nie tylko za dyscyplinę garnizonu, lecz także za bezpieczeństwo całej okolicznej osady, ponieważ celem twierdzy była obrona całego obszaru, a nie jedynie samej fortecy.
Ponad sto lat później Bodrum pojawiło się na kartach kolejnego niezwykłego osmańskiego dzieła. W 1671 roku dotarł tu Evliya Çelebi, niestrudzony podróżnik, który przez ponad czterdzieści lat przemierzał ziemie Imperium Osmańskiego i kraje sąsiednie. Przybył do Bodrum przez Kemer i Mihdökenbeli, centrum okręgu Karaova, a swoje obserwacje zapisał w Seyahatnâme (Księdze podróży).
Evliya zobaczył znajomy zarys twierdzy górującej nad portem, otoczonej głęboką fosą. W jej wnętrzu znajdował się meczet, przekształcony z dawnej kaplicy i poświęcony Sulejmanowi Wspaniałemu, do którego dobudowano minaret — dyskretny znak osmańskiej władzy nałożony na starszą, chrześcijańską strukturę.
Evliya Çelebi opisał Bodrum jako niewielką osadę z ubogimi domami, pozbawioną meczetu miejskiego, karawanseraju, łaźni czy targu. Otaczające je winnice i gaje oliwne stanowiły podstawę utrzymania mieszkańców. W kontraście do skromnej zabudowy pozostawał port, który — jak zanotował — mógł pomieścić nawet dwieście statków i zapewniał bezpieczne schronienie przed kapryśnym morzem.
Poczucie zagrożenia kształtowało codzienne życie. Band rabusiów i piratów przybrzeżnych obawiano się na tyle, że cała ludność mieszkała wewnątrz murów zamku. Za dnia mieszkańcy wychodzili, by uprawiać pola i sady, lecz o zmierzchu wracali do twierdzy, szukając ochrony za kamiennymi murami. Bodrum nie rozrastało się na zewnątrz — raczej zamykało się w sobie, przedkładając bezpieczeństwo nad rozwój.
W czasach wizyty Evliyi Çelebiego w obrębie murów mieszkało około stu gospodarstw domowych. Z biegiem lat liczba ludności rosła stopniowo, podobnie jak liczebność załogi zamkowej. Pod koniec XVII wieku garnizon liczył już osiemdziesięciu strażników, co świadczy o powolnej przemianie Bodrum z ufortyfikowanego schronienia w trwalszą, osmańską wspólnotę.
We wczesnym okresie osmańskim Bodrum nie było ani zapomnianą osadą, ani kwitnącym miastem. Istniało na styku lądu i morza, codzienności i czujności — jako miejsce definiowane nie przez splendor, lecz przez wytrwałość.
