Podobnie jak ma się to w przypadku o wiele bardziej znanego kościoła Konstantynopola - Hagia Sophii - również kościół Hagia Eirene, który można podziwiać obecnie, jest ostatnim z wielu miejsc kultu religijnego, które wznoszono w tej samej lokalizacji na przestrzeni wieków. Świetnie zachowany kościół, którego nazwa odznacza Święty Pokój, można obecnie odnaleźć na pierwszym dziedzińcu Pałacu Topkapı w Stambule. Co więcej, jest to jeden z nielicznych wschodniorzymskich kościołów Konstantynopola, który nigdy nie został przekształcony w meczet, a obecnie funkcjonuje jako muzeum oraz sala koncertowa.

Chociaż brakuje na to dowodów materialnych, zgodnie z tradycją pierwszy kościół chrześcijański w tym miejscu wzniesiono w lokalizacji, w której uprzednio stała świątynia kultu pogańskiego. Pierwsza Hagia Eirene została najprawdopodobniej zbudowana podczas gruntownej przebudowy miasta, które z greckiej kolonii handlowej stało się za panowania cesarza Konstantyna I nową stolicą Imperium Rzymskiego. Hagia Eirene miała służyć wiernym już pod koniec panowania tego cesarza, w 337 roku. Była ona również katedrą patriarszą, zanim rolę tę przejęła pierwsza Hagia Sophia zbudowana przez Konstancjusza II w 360 roku.

To właśnie w nowo zbudowanej Hagia Eirene, w 337 roku został obwołany biskupem Konstantynopola Paweł I. Był on gorącym przeciwnikiem popularnego wówczas arianizmu, doktryny chrześcijańskiej, która odrzucała dogmat Trójcy Świętej. W wyniku gorących sporów pomiędzy zwolennikami i przeciwnikami tej doktryny, w które zaangażowani byli nawet cesarze wschodnio- i zachodniorzymscy, Paweł I był trzykrotnie osadzany na tronie biskupim Konstantynopola i trzykrotnie ze stolicy wyganiany. Zamieszki pomiędzy zwolennikami i przeciwnikami biskupa Pawła I doprowadziły do paniki i masakry wiernych zgromadzonych w Hagia Eirene. Sokrates Scholastyk, autor "Historii Kościoła" obejmującej lata 305–439 zapisał, że tłum zgromadzony w kościele został rozpędzony przez żołnierzy, którzy zamordowali przy tej okazji 3150 osób.

Całkiem możliwe jest, że to w Hagia Eirene odbywały się posiedzenia Soboru Konstantynopolitańskiego I. Zwołał go w 381 roku cesarz Teodozjusz I Wielki w celu rozwiązania przede wszystkim problemu teologicznego herezji pneumatomachów, polegającej na uznawaniu Ducha Świętego za istotę stworzoną. W wyniku obrad soboru powstał Symbol (Credo), noszący nazwę nicejsko-konstantynopolitańskiego. Ponadto sobór wzmocnił pozycję Konstantynopola, ponieważ ustalono, że to biskup Konstantynopola, a nie Aleksandrii miał posiadać prymat honorowy następujący po prymacie biskupa Rzymu.

Hagia Eirene pełniła też zapewne rolę katedry patriarszej w początkach V wieku, po pożarze, który w 404 roku zniszczył Hagia Sophię. Pożar ten wybuchł w wyniku zamieszek wywołanych zesłaniem na wygnanie biskupa Konstantynopola, Jana Chryzostoma. Biskup ten, zwany Złotoustym, pochwalał zasady ubóstwa, wstrzemięźliwości i jałmużny, a jednocześnie piętnował nadużycia na dworze cesarskim. Popadł z tego powodu w konflikt z cesarzową Eudoksją, żoną cesarza Arkadiusza, która doprowadziła do jego wygnania. Jan Chryzostom nie wrócił już żywy do stolicy cesarstwa, ponieważ zmarł w drodze z wycieńczenia. Powróciły natomiast do Konstantynopola w 438 roku jego relikwie, które początkowo przechowywano w kościele Hagia Eirene. Ostatecznie umieszczono je jednak w kościele Świętych Apostołów.

Obie świątynie -- Hagia Sophia i Hagia Eirene -- spłonęły podczas zamieszek z 532 roku, zwanych powstaniem Nika. Hagia Eirene odbudowano na rozkaz cesarza Justyniana I jako tzw. bazylikę kopułową w 548 roku. Odbudowa Hagia Eirene była częścią ogromnego planu odbudowy i rozbudowy Konstantynopola przez Justyniana, w ramach którego wzniesiono ponad 30 kościołów. Tuż obok Hagia Eirene można dostrzec ruiny budynku, który być może był Szpitalem Samsona, odbudowanym w tym samym okresie. Wspominał o nim Prokopiusz z Cezarei, najsłynniejszy historyk bizantyjski, w dziele "O budowlach":

"Kościół nazwany imieniem Eirene, który znajdował się obok Wielkiego Kościoła i został wraz z nim spalony, cesarz Justynian odbudował na dużą skalę, tak że nie ustępował żadnemu z kościołów w Bizancjum, poza kościołem Sophii. Pomiędzy tymi dwoma kościołami istniało pewne hospicjum, przeznaczone dla tych, którzy byli pozbawieni środków do życia i cierpieli z powodu poważnej choroby, czyli tych, którzy cierpieli z powodu utraty zarówno mienia, jak i zdrowia. Zostało ono wzniesione w dawnych czasach przez pewnego pobożnego człowieka imieniem Samson. I to nie pozostało nietknięte przez buntowników, ale zapaliło się razem z kościołami po obu stronach i zostało zniszczone. Cesarz Justynian odbudował je, czyniąc je szlachetniejszym budynkiem pod względem piękna konstrukcji i znacznie większym pod względem liczby pomieszczeń. Obdarzył je również hojnym rocznym dochodem pieniężnym, tak aby przez cały czas można było leczyć dolegliwości wielu cierpiących."

W 564 roku pożar, który strawił wiele budowli w okolicy, uszkodził narteks i atrium Hagia Eirene. Kolejna klęska przydarzyła się w VIII wieku, kiedy to kościół został poważnie uszkodzony przez trzęsienie ziemi, obecnie datowane na podstawie dendrochronologii na okres po 753 roku. Renowację budowli zarządził cesarz Konstantyn V, który panował w latach 741-775. Wówczas absyda Hagia Eirene została udekorowana prostą mozaiką przedstawiającą krzyż, ponieważ cesarz był zwolennikiem ikonoklazmu i sprzeciwiał się kultowi obrazów i wizerunków. Podejmując się renowacji kościoła, cesarz Konstantyn V pragnął zrównać się z najsłynniejszymi władcami imperium -- Konstantynem Wielkim oraz Justynianem i jego małżonką Teodorą, których monogramy zdobią kapitele kolumn w arkadach budynku.

W 859 roku Hagia Eirene była miejscem lokalnego soboru, który zatwierdził na tronie biskupim Konstantynopola Focjusza I Wielkiego, który objął tę godność po wygnaniu z miasta biskupa Ignacego I. Było to ostatnie znaczące wydarzenie, które odbyło się w Hagia Eirene i zostało zapisane przez kronikarzy w okresie przed podbojem osmańskim w 1453 roku.

Gdy sułtan Mehmed Zdobywca nakazał zbudowanie Pałacu Topkapı w swojej nowej stolicy, Hagia Eirene została oddzielona od Hagia Sophii przez mur otaczający kompleks pałacowy. Dawny kościół znalazł się na pierwszym dziedzińcu pałacu, tuż przy kwaterach janczarów. Wykorzystywali oni wnętrze Hagia Eirene jako magazyn broni znany jako İç Cebehane, czyli Wewnętrzny Arsenał. Z czasem zgromadzono tam również broń zdobytą przez wojska osmańskie podczas podbojów. Późnoosmańskie dekoracje nadal widoczne po wewnętrznej stronie kopuły Hagia Eirene przedstawiają broń i instrumenty muzyczne, odzwierciedlając tę rolę budynku.

Za panowania sułtana Ahmeda III, w pierwszej połowie XVIII wieku, Hagia Eirene funkcjonowała jako zbrojownia -- Dar-ül Esliha -- czyli Dom Broni. W XIX wieku jej rola uległa zmianie dzięki Ahmedowi Fethiemu Paszy, wówczas marszałkowi sułtańskiej zbrojowni. Ów polityk wiele podróżował po Europie i służył jako ambasador Imperium Osmańskiego w Rosji, Austrii, Francji i Wielkiej Brytanii. Zagraniczne doświadczenia zainspirowały go do utworzenia pierwszego w imperium muzeum, a za jego siedzibę obrał właśnie Hagia Eirene. W 1846 roku utworzył w jej wnętrzu placówkę muzealną, ale już w 1875 roku zaczęło brakować miejsca dla kolejnych eksponatów. Kolekcję zaczęto wówczas przenosić do Pawilonu Fajansowego -- Çinili Köşk -- który przekształcono w Muzeum Imperialne. Z czasem pawilon ten stał się częścią Muzeum Archeologicznego w Stambule.

Hagia Eirene służyła następnie jako Muzeum Wojskowe. Zachowały się zdjęcia ukazujące wystawiony w atrium kościoła łańcuch, który niegdyś służył do odcinania dostępu do zatoki Złoty Róg. W tym samym miejscu przechowywano również porfirowe grobowce cesarzy bizantyjskich, ale większość z nich przeniesiono do Muzeum Archeologicznego. Obecnie w atrium Hagia Eirene można jeszcze obejrzeć dwa z tych sarkofagów. W XX wieku przez wiele lat Hagia Eirene służyła jako sala koncertowa, a od 2014 roku jest udostępniana zwiedzającym jako muzeum.

Dokładne zrozumienie architektury kościoła Hagia Eirene komplikuje fakt jego kilkukrotnej przebudowy i przeprowadzonych renowacji. Jest to budynek wzniesiony głównie z cegieł, na planie prostokąta o bokach długości 32 i 57 metrów, nie wliczając przylegającego atrium. Najczęściej badacze przyjmują, że niższe fragmenty budowli sięgają czasów Justyniana w VI wieku, a wyższe -- okresu odbudowy po trzęsieniu ziemi za Konstantyna V w VIII wieku. Wokół kościoła znajdują się ślady kilku innych budowli, datowane na czasy od VI do VIII wieku, w tym wspominany powyżej Szpital Samsona. Co więcej, w 1927 roku po południowo-wschodniej stronie kościoła odkryto podziemną cysternę w kształcie litery L, wspartą na 52 kolumnach. Ta struktura, datowana na okres późnego antyku, być może stanowiła element infrastruktury tego szpitala.

Hagia Eirene z okresu Justyniana była najprawdopodobniej pokrytą kopułą bazyliką. Kopuła, o średnicy około 16 metrów, wspierana była przez pendentywy wzniesione nad wydłużoną nawą główną, z dwiema nawami bocznymi oddzielonymi od nawy głównej kolumnadami na poziomie parteru. Na wyższej kondygnacji wnętrze z trzech stron otaczały sklepione galerie. Po zachodniej stronie znajdował się narteks, a od wschodu -- apsyda.

Przebudowa z czasów Konstantyna V zachowała podstawowy plan i wymiary Hagia Eirene, ale wprowadziła też pewne ważne zmiany. W trakcie przebudowy podwyższono pierwotną kopułę oraz dodano drugą, na planie elipsy. Wzmocniono również fundamenty kościoła oraz dodano poprzeczne sklepienia kolebkowe lepiej podtrzymujące kopułę. Przebudowa sklepień kolebkowych galerii sprawiła, że kościół stał się bazyliką krzyżową.

W czasach osmańskich kolumny wspierające galerie zostały wymienione na mniejsze. Zmieniono także wygląd atrium oraz dobudowano nową galerię i wejście główne. Płyty marmurowe, niegdyś zdobiące wnętrze, zostały wykorzystane jako podłoże pod kolumnami. Chociaż Hagia Eirene nie została nigdy przekształcona w meczet, krzyż na szczycie jej kopuły został zastąpiony symbolem islamu -- półksiężycem.

Najbardziej charakterystycznym zachowanym elementem wystroju Hagia Eirene jest mozaika dekorująca apsydę -- rzadki przykład sztuki sakralnej z okresu ikonoklazmu. Zwolennicy tego ruchu zastępowali przedstawienia postaci symbolami. Dlatego też, zamiast tradycyjnie umieszczanej w półkopule nad apsydą mozaiki przedstawiającej Marię z Dzieciątkiem, czyli Theotokos, Konstantyn V zamówił wystrój skupiony na czci oddawanej Prawdziwemu Krzyżowi.

Mozaika przedstawia prosty czarny krzyż stojący na trójstopniowym podium i umieszczony na złotym tle. Apsydę otaczają mozaiki ze wzorami roślinnymi i geometrycznymi. Nad krzyżem umieszczono dwie inskrypcje oparte na biblijnych psalmach, częściowo odtworzone w XIX wieku przy wykorzystaniu farby, która zastąpiła brakujące fragmenty mozaiki. Inskrypcje te wychwalają kościół jako dom boży. Trzy okna apsydy symbolizują Trójcę Świętą. Rozmieszczone półkoliście schody w apsydzie, które służyły jako siedzenie dla duchownych -- tzw. synthronon -- to symbol wzgórza Golgota, gdzie ukrzyżowano Jezusa. Co ciekawe, synthronon z Hagia Eirene jest jedynym zachowanym z czasów wschodniorzymskich rozwiązaniem tego typu w Stambule.